Producida la Revolución de Mayo la Primera Junta incorporó a la Prefectura como Institución de la Patria en 1810, hecho que se produjo a través de dos decretos: uno del 25 de junio, por el que oficialmente se disponía que la Capitanía de Puerto debía subordinarse al primer Gobierno Patrio, absteniéndose de obedecer a la Comandancia de Marina española de Montevideo; el otro del 30 de junio que redactó de puño y letra el Dr. Mariano Moreno - Secretario de Gobierno y Guerra de la Junta - nombrando al Cnel. Martín Jacobo Thompson como primer Capitán de Puertos de las Provincias Unidas del Río de la Plata, es decir el primer Prefecto Nacional Naval.
Este hito histórico marca el nacimiento de la Prefectura Naval Argentina. Por ello, el Ministerio del Interior, mediante Resolución Nº 665 del 23/10/2001, dispuso consagrar con esa fecha la celebración del Día de la Prefectura Naval.
La Prefectura es la Autoridad Marítima Argentina por antonomasia, conforme lo consagra la Ley General Nº 18.398, la Ley de la Navegación Nº 20.094 y la nutrida legislación que en forma coincidente define el amplio y homogéneo perfil de sus competencias.
Asimismo es, en virtud de su tradición histórica y funcional, inalterable a través del tiempo, que la identifica como el órgano a través del cual el Estado ejerce la policía de seguridad de la navegación y la seguridad y el orden público en las aguas de jurisdicción nacional y en los puertos.
Además, es el órgano de aplicación de los convenios internacionales relativos a la seguridad de la vida humana en el mar, la prevención y la lucha contra la contaminación y las materias técnicas y jurídicas relacionadas, conforme lo establecen las leyes de aceptación del país.
La Prefectura Naval Argentina es, en suma, la Autoridad Marítima por excelencia, por la multiplicidad de circunstancias generales y específicas que abarcan sus responsabilidades y en mérito a la legislación que reiteradamente lo expresa, definiendo nítidamente su perfil institucional en el concierto de los organismos del Estado.
